西暦2030年、情報ネットワーク化が進む中、犯罪の芽を探し出しこれを除去する攻性の組織が設立された。内務省直属の独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」である。彼らの役割は、深刻な電脳犯罪への対処、要人警護、暗殺、政治家の汚職摘発から、凶悪犯罪の捜査にまで、多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課のメンバーはネットの闇に潜む犯罪に敢然と立ち向かっていく！